La CNDH es competente para tramitar una queja en los siguientes casos:
- Cuando las autoridades administrativas de carácter federal, con excepción de los del Poder Judicial de la Federación, cometan actos u omisiones que violen los derechos humanos.
- Cuando una persona cometa un ilícito con la tolerancia o anuencia de algún servidor público o autoridad federal, o cuando estos últimos se nieguen, sin fundamento, a ejercer las atribuciones que legalmente les correspondan en relación con dichos ilícitos; particularmente tratándose de conductas que afecten la integridad física de las personas.
- Cuando se presenten inconformidades por las omisiones o por la inactividad en que incurran las Comisiones Estatales de Derechos Humanos, así como por la insuficiencia en el cumplimiento de sus recomendaciones, por parte de las autoridades locales.